Specter era il scimmia più carina dello zoo, fino al giorno in cui trovò l'elmetto P-Point. Una volta indossato, l'elmetto ha potenziato l'intelligenza di Specter portandola a livelli di super genio. Stanco di vivere in cattività, Specter ha mandato un esercito di sciemmie nel passato per riscrivere la storia e dominare gli umani che lo hanno umiliato. Ora spetta al giovane Spike scorrere la storia della terra e catturare le scimmie di Specter.
Ape Escape consiste in più di 20 enormi livelli 3D basati su diversi periodi storici. Per superare un livello, Spike deve catturare un certo numero di scimmie. Una volta raggiunta questa quota, si può passare al livello successivo. Per raggiungere le scimmie sarà necessario saltare, nuotare, arrampicarsi, e volare attraverso una immensa quantità di locations e situazioni. Oltre alla destrezza un lavoro come questo richiede gli attrezzi adatti, o in questo caso, i giocattoli adatti! L'equipaggiamento iniziale consiste di una rete temporale per catturare le scimmie, e una specie di spada per difendersi o stordire i primati. Nel corso del gioco Spike acquisirà altri 6 gadget. Tra cui un hoola-hop, una macchinina telecomandata, oggetti all'apparenza solo giocattoli, ma che nascondono poteri necessari per completare i livelli successivi e tornare in quelli passati per catturare il 100% delle scimmie. I primati controllati da Specter a loro volta diverranno sempre più forti e veloci nel corso del gioco, e arriveranno anche ad armarsi di mitra!

Ape Escape fu il primo gioco per playstation che poteva essere giocato solo con un controller DualShock, sfruttandone appieno tutti i pulsanti e i due joystick. È proprio questo a fare di Ape Escape una pietra miliare nella storia della console Sony, una rivoluzione nel sistema di controllo paragonabile a quella in atto con la console Nintendo Wii.

Di Ape Escape sono stati prodotti diversi seguiti, su Playstation 2 e PSP.